Durante il regno di Re Giovanni II, c'era una linea di difesa nel punto esatto in cui si trova la torre. In seguito, il suo successore, il re Manuel I, ritenne che la costruzione di una torre permanente sarebbe stata più redditizia rispetto alla presenza di una nave in acqua. Fu così che iniziò la costruzione della Torre di Belém. La nave ha più cannoni e questa struttura fu sostituita da una fortificazione in pietra nel XVI secolo.