Sous le règne du roi Jean II, une ligne de défense était en place à l'endroit exact où se trouve la tour. Plus tard, son successeur, le roi Manuel Ier, estima que la construction d'une tour permanente serait plus viable que la présence d'un navire sur l'eau. C'est ainsi que la construction de la Tour de Belém a débuté. Le navire possède plusieurs canons et cette structure a été remplacée par une fortification en pierre au XVIe siècle.