Durante el reinado del rey Juan II, había una línea de defensa en el lugar exacto donde se encuentra la torre. Más tarde, su sucesor, el rey Manuel I, creyó que construir una torre permanente sería más viable que tener un barco en el agua. Así comenzó la construcción de la Torre de Belém. El barco tiene múltiples cañones y esta estructura fue sustituida por una fortificación de piedra en el siglo XVI.