Während der Herrschaft von König Johann II. befand sich genau an der Stelle, an der sich der Turm befindet, eine Verteidigungslinie. Später glaubte sein Nachfolger, König Manuel I., dass der Bau eines permanenten Turms praktikabler sei als ein Schiff auf dem Wasser. Auf diese Weise wurde mit dem Bau des Torre de Belém begonnen. Das Schiff hat mehrere Kanonen und diese Struktur wurde im 16. Jahrhundert durch eine steinerne Festung ersetzt.